Depuis plus de 15 ans, l’absentéisme marque de son empreinte le paysage social français. Les constats se répètent inlassablement mais la dérive se poursuit : +41% d’absentéisme en 5 ans avec un allongement de la durée moyenne des arrêts (+7%, selon le Datascope 2025 d’AXA).
Conséquence directe, les services paie et RH doivent traiter un volume croissant d’Indemnités Journalières de Sécurité Sociale (IJSS) avec des enjeux financiers de plus en plus importants. Pour une entreprise de 1 000 salariés, cela représente plus de 1 200 arrêts maladie par an en moyenne, soit un encours de trésorerie de 600 000 à 800 000 euros à sécuriser.
Dans ce contexte, comment les DRH peuvent-ils optimiser le recouvrement des IJSS, tout en limitant les risques financiers ? Décryptage.
Aujourd’hui, la subrogation relève autant d’un enjeu de performance financière que d’un enjeu de responsabilité sociale. Elle constitue un levier d’attractivité indéniable, capable de compenser parfois l'impossibilité de suivre les tendances inflationnistes des salaires.
Néanmoins, elle peut aussi devenir un "calvaire" administratif pour les équipes RH. Les réformes réglementaires récentes, pièges administratifs et délais serrés rendent ce processus de plus en plus complexe.
La subrogation des IJSS : un avantage collaborateur mais de fortes contraintes pour les services RH
La réalité du terrain est alarmante :
on estime à 20% des IJSS avancées ne sont jamais recouvrées.
Ce taux peut grimper à 30% selon les secteurs d’activité, estime Christophe BOULON, Directeur Gestion de l'absence & risques professionnels.
Alors, pourquoi le système se grippe-t-il ?
Les "trous noirs" du recouvrement
On estime que le traitement des arrêts de travail représente entre 1,5 et 3 arrêts par an et par salarié à gérer en moyenne dans les entreprises. Chaque arrêt doit rapidement être saisi dans les différents systèmes et, les attestations qui suivent la réception de l’absence doivent être adressées à la Sécurité sociale dans les cinq jours.
Dans la réalité, les délais d’envoi des attestations à la Sécurité sociale peuvent être extrêmement variables. Même si la majorité est envoyée en moins de 14 jours, nous voyons certains envois fortement se décaler de la date de génération (jusqu’à 180 jours).
Pour les arrêts maladie (motif d’absence le plus fréquent) et les accidents de travail, nous restons sur des moyennes autour de 18 à 19 jours. En revanche, les absences pour paternité présentent un retard d’au moins 10 jours par rapport au plus rapide, qui est la maladie.
L'analyse technique des causes de rejet (estimations issues des données des Caisses, notamment de la CPAM des Yvelines) révèle également une réalité brute :
34% des échecs de remboursement sont dus à la non-réception de l'arrêt de travail par la Caisse.
Le salarié, bien qu'ayant prévenu son employeur, néglige souvent d'envoyer les volets 1 et 2 à la CPAM dans les 48 heures. Sans ce document, l'attestation de salaire DSN de l'employeur reste "orpheline" et le paiement est suspendu sine die.
26% des taux de rejet CPAM sont dus à un DJT (Dernier Jour de Travail) non cohérent.
La date du Dernier Jour de Travail permet l’instruction des conditions d’ouverture de droits, la détermination de la période de référence et le point de départ de l’indemnisation.
Lorsque le dernier jour de travail renseigné sur l'attestation de salaire n'est pas cohérent avec les informations du dossier, la CPAM ne versera pas les IJSS. Il est donc primordial de sécuriser cette partie du traitement et d'être en mesure d'identifier rapidement l'anomalie pour résoudre la situation dans les meilleurs délais.
Avec près d’un tiers des rejets de la Caisse, le DJT cristallise un certain nombre de difficultés. En règle générale, Le DJT correspond à la veille de l’arrêt de travail, indépendamment des jours de la semaine (weekends, jours fériés, congés payés) sauf si le salarié a travaillé le jour de la prescription d’arrêt.
Seulement, certains cas de figure peuvent entraîner des erreurs : enchainement des arrêts, enchainement des arrêts avec différents motifs, temps partiel thérapeutique, travail de nuit, arrêt suite à accident de travail, congé pathologique…
D'autres frictions apparaissent sur la discordance des dates (8% des cas estimés).
Un exemple fréquent : un arrêt se terminant le vendredi suivi d'une prolongation le lundi. Votre logiciel de paie peut y voir deux arrêts distincts et appliquer une nouvelle carence, alors que la CPAM accepte souvent la prolongation. Ces écarts de taux ou de dates bloquent le dossier et nécessitent des actions correctives manuelles extrêmement chronophages. On estime d'ailleurs que la gestion de ce recouvrement mobilise environ 0,5 ETP pour 1 000 salariés.
En analysant les rejets par motifs d’absence, le taux d’échec sur la première déclaration présente une forte variabilité :
- Entre 35 et 40% du taux de rejet CPAM concernent les arrêts relatifs à la paternité et à l’accident du travail,
- 14% du taux de rejet CPAM relèvent des arrêts maladie.
IJSS subrogées : une gestion complexe et chronophage
Nous estimons qu’en moyenne, le traitement de l’absence représente plus de 1 200 arrêts maladie par an en moyenne, l’équivalent de 0,5 ETP pour 1 000 salariés.
La gestion des IJSS subrogées est une activité volumique, avec des arrêts à traiter de manière discontinue. La charge de cette activité se situe autour d’un ETP pour 500 K€ d’IJSS à gérer par an.
Au sein des services RH déjà fortement sollicités, ce temps de traitement administratif est souvent sous-estimé. Il demande une assiduité et une organisation de production pour agir au plus tôt sur toutes les anomalies.
Nous l’avons vu, les erreurs peuvent être multiples et complexifiées par les différentes typologies de population de collaborateurs et certains cas de figure particuliers. Les gestionnaires doivent être capables de diagnostiquer les anomalies, qualifier les écarts en rapprochant les IJ paie et des IJ CPAM et suivre les remboursements.
Puis, ils doivent relancer rapidement les salariés et/ou les organismes sociaux pour corriger les erreurs (c’est-à-dire la CPAM compétente vs la domiciliation du salarié concerné).
Ils se heurtent alors aux disparités de capacité de traitement entre les CPAM qui ont d’autres priorités de gestion. Car, contrairement à une idée reçue, le remboursement des IJSS par la Sécurité Sociale n’est pas un mécanisme automatique. Les Caisses Primaires d’Assurance Maladie fonctionnent encore largement en mode manuel, ce qui génère des retards, surtout lors des pics épidémiques où les dossiers des salariés non subrogés sont traités en priorité.
On voit d’ailleurs que le délai moyen de versement des IJSS subrogées peut atteindre 42,16 jours (IJSS maternité subrogées 2024 - rapport n° 1971 de la Commission des affaires sociales de l’Assemblée nationale).
Ces difficultés de gestion RH s’illustrent encore au travers d’autres indicateurs parlants :
- 75 jours d’encours moyen d’IJSS en France,
- 10% environ des IJSS précomptées ne sont pas récupérées par les entreprises.
Le poids des enjeux financiers liés aux IJSS subrogées :
Les coûts indirects :
Ils reposent essentiellement sur la charge de travail liée aux traitements des IJSS subrogées par les services RH. Laquelle est proportionnellement inverse au taux de recouvrement constaté.
En moyenne, le coût du traitement de l’absence se situe à environ 7 / 7,50 € HT par bulletin de paie. Rapproché au prix de bulletin de paie (entre 15 et 20 € HT / bulletin), ce traitement peut donc peser autour de 50 % du coût de la paie.
Les coûts directs :
On considère que toute somme non recouvrée sous 6 mois a de fortes probabilités d'être définitivement perdue. Le risque financier ici, c’est bien la perte sèche des montants d’IJSS avancés. Dans le cas d’une entreprise subrogeant 1 000 salariés, avec 600 000 € à 1 M€ d’IJ par an et un taux de recouvrement avoisinant les 90% : 10% non récupérés signifient 100 000 € de perte.
Rappelons que, selon le type d’entreprise, 20% à 30% des IJSS ne sont jamais récupérées. Dans ce cas-là, si une entreprise ne pratique pas le précompte des IJSS, elle perd non seulement l'indemnité avancée, mais aussi les charges sociales indûment versées. Le coût du non remboursement devient alors 1,5 fois supérieur au montant de l'indemnité initiale.
L'effet domino sur la prévoyance
La fiabilisation des IJSS est le verrou de sécurité de la prévoyance puisqu’il existe un lien de dépendance absolue entre l'IJSS et l'Indemnité Journalière de Prévoyance (IJP).
L'organisme complémentaire conditionne le versement des IJP à la preuve de prise en charge par l'Assurance Maladie. Un dossier IJSS bloqué par une négligence du salarié (envoi tardif de l'arrêt) comme nous l’avons vu, entraîne mécaniquement le blocage de l'IJP.
Pour les hauts salaires ou les pathologies lourdes, l’enjeu est démultiplié car l'IJP peut être bien plus élevée que l'IJSS (plafonnée à 41,95 € bruts par jour, pour les arrêts débutant à compter du 1er février 2026). Un dossier IJSS bloqué paralyse l'ensemble de la chaîne d'indemnisation. De plus, les assureurs imposent souvent un délai de forclusion très strict (souvent 2 mois) pour l'ouverture du dossier. Dépasser ce délai par manque de suivi des IJSS, c'est condamner l'entreprise à une perte sèche sur l'intégralité du complément de salaire avancé.
Comment reprendre le contrôle de ses recouvrements IJSS ?
Le précompte : un levier pour fiabiliser le recouvrement des IJSS
En matière de gestion des absences en paie, il existe deux méthodes :
- maintenir le salaire et traiter l’IJSS au moment du remboursement de la Sécurité Sociale. L’IJSS est alors déduite du maintien de salaire réalisé. Les charges sociales afférentes (payées sur 100% du salaire brut maintenu) sont reprises.
Cette gestion a le mérite de la simplicité. Cependant, une IJ non remboursée ici n’est jamais retraitée et a de grandes chances de passer inaperçue. Le plus souvent, les charges sociales ne sont pas déduites et nous retombons sur le cas de figure, explicité plus haut, d’un surcoût associé au non remboursement d’IJSS.
- appliquer l’approche dite du précompte. Pour le mois de l’absence constatée, elle consiste à simuler l’IJSS et à l’intégrer directement dans le bulletin de paie comme une IJSS brute non soumise à charge. Le maintien de salaire sera calculé à partir de ce précompte pour compléter le salaire jusqu’au montant conventionnel.
Lorsque l’IJSS est effectivement récupérée, l’entreprise ajuste l’IJSS perçue par rapport à l’IJSS précomptée. Le précompte a l’avantage d’offrir une bonne visibilité aux équipes RH sur le montant des IJSS attendues et d’établir une balance précise (IJ précomptée versus remboursée).
Il permet également d'isoler la part de rémunération exonérée de cotisations et de n'appliquer les charges que sur le complément de salaire. A titre d’exemple, pour un salarié avec un salaire brut de 3 000 € par mois, l’IJSS brute maximale en 2026 est de 41,95 € par jour (plafond fixé à 1,4 SMIC, contre 1,8 SMIC auparavant).
En appliquant le précompte, l’entreprise isole cette part exonérée de cotisations et n’applique les charges que sur le complément de salaire. Une économie qui peut faire la différence sur un exercice complet.
Vers une gestion active des IJSS
Pour atteindre un taux de recouvrement supérieur à 98 %, l'entreprise doit passer d'une gestion subie à un pilotage actif des IJSS :
Les prolongations et risques de doublons :
En cas de prolongation d’arrêt de travail d’un salarié, il est inutile de transmettre à la CPAM une nouvelle attestation de salaire. Cette démarche peut générer des erreurs et augmente la charge de travail des équipes paie. L’attestation initiale suffit pour poursuivre l’indemnisation dans la limite de 6 mois.
Dans le cas de signalement d’évènement en DSN, l’attestation de salaire est reconstituée automatiquement à partir des données présentes dans la DSN mensuelle. L’employeur n’a pas à saisir d’attestation en parallèle sur Net-Entreprises.
Cela crée des doublons, génère des erreurs et augmente le délai de traitement des dossiers par la Caisse.
Une vérification de conformité systématique
Les rapprochements même complexes entre les IJ paie et les flux Net-Entreprises doivent être systématiquement réalisés. Il est impératif de confronter mensuellement les IJ attendues en paie avec les bordereaux de paiement réels consultables sur Net-Entreprises.
Les remontées d’information via la DSN (CRM) sont à suivre très régulièrement. Ces processus de veille active des IJSS subrogées permettent :
- de traiter les anomalies au fil de l’eau,
- de mettre en exergue les retards de paiement et les montants concernés,
- de planifier les relances nécessaires, du côté collaborateurs comme du côté Caisses.
Au-delà de la conformité, la mise en place de processus de gestion robustes, adossés à des équipes RH formées, peut donner lieu à la création d’indicateurs de suivi spécifiques de performance comme : le taux de recouvrement, le temps de traitement des demandes, les montants recouvrés, les montants à recouvrer, le volume d’IJSS perdu, etc.
Une attention particulière à donner aux règles « les plus techniques » :
Le Dernier Jour Travaillé (DJT) :
Nous l’évoquions précédemment, le DJT est un point critique de rejet (estimation : 2% des cas). De manière générale, le DJT correspond au dernier jour de travail du collaborateur, soit la veille de l'arrêt.
Mais, différents cas de figures complexifient l’appréhension de cette règle :
- Salarié ayant travaillé le jour de l'arrêt : Si le salarié est venu travailler avant de voir son médecin, le DJT doit être fixé au jour même de la prescription. L'employeur doit cette journée, et la CPAM ne commence l'indemnisation qu'ensuite.
- Travail de nuit : Si un salarié ne vient pas travailler pour son poste de 20h, le DJT est la veille. S'il devait travailler après minuit (par exemple à 2h du matin) et ne vient pas, le DJT reste également la veille.
- Week-end et congés : Pour un arrêt débutant un samedi, le DJT est le vendredi. S'il débute un lundi et que le salarié ne travaille pas le dimanche, le DJT est le dimanche. La règle est que le DJT soit la veille de la prescription, sauf si le salarié a travaillé le jour de l'arrêt.
- Accident du travail (AT) : Si l'arrêt est immédiat après l'accident, le DJT est le jour même. Si le salarié travaille quelques jours avant de s'arrêter, le DJT est la veille de l'arrêt.
- Enchaînement d'arrêts : En cas de prolongation ou de changement de motif (exemple : maladie puis accident du travail) sans reprise de travail, le DJT doit rester strictement identique sur toutes les attestations de salaire successives.
- Temps partiel thérapeutique : Le DJT correspond à la veille de l'arrêt à temps plein qui le précède, ou à la veille du début du temps partiel.
Le Solde de Tout Compte (STC) :
Lors du départ d'un collaborateur, une vérification des IJ à recevoir est cruciale. Si des sommes sont bloquées par la faute du salarié, une reprise en paie doit être pratiquée pour neutraliser la créance avant l'extinction du contrat.
La maternité, la paternité et le congé pathologique
Pour le congé maternité, paternité et d’accueil de l’enfant, deux conditions doivent être réunies : une affiliation de 6 mois à l'Assurance Maladie et avoir travaillé 150 heures au cours des 3 mois précédents (ou 600 heures sur 12 mois pour les saisonniers, ou avoir cotisé sur un salaire brut équivalent à 1 015 fois le SMIC horaire au cours des six mois précédant cet arrêt).
Concernant le congé pathologique, il est de 14 jours maximum. Il est indemnisé comme la maternité et sans carence. Si un médecin prescrit plus de 14 jours, la CPAM enregistre 14 jours en pathologique et bascule le reste en maladie. Dans ce cas, l'employeur doit envoyer un signalement spécifique "maladie" pour le surplus, ce qui déclenchera l'application du délai de carence.
Ce type d’absence appelle des points de vigilance particuliers :
- en cas d’enchainement d’arrêts pour des motifs différents, il faut étendre la date de subrogation sur toute la période pour éviter les doubles paiements (précompte en paye et versement direct de la CPAM au salarié).
- pour un report de congé maternité, il faut impérativement obtenir l'accord préalable de la CPAM avant de modifier les dates, sous peine de créer des écarts d'indemnisation.
Le Salaire Journalier de Base (SJB) :
Le SJB joue un rôle central dans le recouvrement des IJSS subrogées. Sa maîtrise est indispensable pour toute organisation souhaitant optimiser et sécuriser le recouvrement de ses IJSS.
Le fondement du calcul des IJSS se base en effet sur le SJB. Ce dernier est déterminé par la Caisse Primaire d'Assurance Maladie sur la base des salaires bruts perçus par le salarié au cours des trois derniers mois précédant l'arrêt de travail (ou des douze derniers mois pour les salariés à revenus irréguliers). Il est calculé en divisant le salaire brut de référence par 91,25 jours (soit 365/4), plafonné à 1,4 fois le SMIC journalier (hors IJSS AT/MP : voir le mémo en fin d’article).
Ce salaire journalier, une fois pondéré par un taux de remplacement de 50% détermine le montant brut des IJSS versées. Dans le cadre de la subrogation, le SJB devient alors un indicateur financier critique à deux niveaux.
D'abord, il conditionne directement le montant des IJSS que l'employeur percevra en remboursement. Une mauvaise déclaration des éléments de rémunération — primes exceptionnelles mal intégrées, éléments variables omis, assiette tronquée, inclusion de primes exonérées de cotisations — se traduira mécaniquement par un SJB sous-évalué, donc par des IJSS inférieures à ce que l'entreprise est en droit de percevoir. Ce différentiel constitue une perte sèche non récupérable a posteriori.
Ensuite, la comparaison entre le SJB retenu par la CPAM et le salaire maintenu par l'employeur permet de détecter d'éventuelles anomalies. Il n'est pas rare que des erreurs de calcul de la caisse, des périodes de référence mal appréhendées ou des plafonnements incorrectement appliqués conduisent à des versements insuffisants. Seul un suivi rigoureux du SJB théorique — reconstitué par le service RH ou la paie — permet d'identifier ces écarts et d'engager des demandes de rectification dans les délais de prescription.
D’autant que le SJB peut influencé par des absences intervenues durant les 3 mois précédant l’arrêt (congé sans solde, arrêt maladie, activité partielle, absence injustifiée…), par une pluriactivité (calcul sur l’ensemble des salaires perçus), un temps partiel thérapeutique (calcul partir du salaire précédant l’arrêt initial), par des rappels de salaires…
La vigilance autour du SJB revêt une importance financière considérable, notamment dans les secteurs à forte sinistralité ou à effectifs importants. Un SJB systématiquement sous-évalué peut représenter, à l'échelle d'une entreprise, des dizaines de milliers d'euros de pertes annuelles sur les remboursements IJSS.
À l'inverse, une maîtrise fine de cet indicateur — couplée à une bonne gestion des attestations de salaire transmises à la CPAM — constitue un levier de performance RH et financière non négligeable.
Par ailleurs, la fiabilité du SJB conditionne aussi la bonne application des clauses de maintien de salaire prévues par les conventions collectives ou les accords d'entreprise, lesquelles articulent souvent le niveau de complément employeur au montant des IJSS perçues. Une erreur sur le SJB peut ainsi générer, par effet de cascade, soit un trop-perçu salarial exposant l'entreprise à un risque de redressement, soit un sous-paiement ouvrant droit à contestation par le salarié.
Le SJB est donc un pivot autour duquel s'articulent la qualité du recouvrement des IJSS subrogées, la conformité des obligations de maintien de salaire et la maîtrise de la masse salariale lors des absences. Sa surveillance active, sa vérification systématique et sa reconstitution rigoureuse par les équipes paie et RH sont des impératifs de gestion et de sécurisation de trésorerie que toute organisation ne peut plus négliger.
Si la subrogation des IJSS est un puissant vecteur de marque employeur et de paix sociale, elle exige désormais une rigueur chirurgicale. Fiabiliser ses recouvrements, c'est avant tout protéger ses marges et s'assurer que cet investissement social ne devienne pas une dérive budgétaire incontrôlée. Car les montants en jeu sont considérables.
En réalité, le recouvrement des IJSS n'est jamais acquis. Les entreprises qui sauront automatiser leur suivi des IJSS subrogées, former leurs équipes et anticiper les évolutions réglementaires éviteront des recouvrements mal maîtrisés entraînant des pertes financières récurrentes, une charge administrative croissante et une perception incomplète des coûts sociaux réels.
Mémo | les évolutions à intégrer dans la gestion des IJSS :
- Le plafond de calcul des IJSS maladie est passé de 1,8 à 1,4 SMIC, soit un montant maximal de 41,95 € par jour (contre 52,28 € en 2024).
- les IJSS AT/MP sont plafonnées à 240,49 €/jour pendant les 28 premiers jours d'absence, et 320,66 €/jour à partir du 29e jour.
- Le SMIC a été revalorisé à 12,02 € de l’heure (1 823,03 € brut par mois), ce qui modifie les plafonds de calcul des indemnités.
- La durée de versement des IJSS pour accidents du travail (AT/MP) sera plafonnée à partir de 2027 (pour les sinistres survenus à compter du 1er janvier 2027), une mesure à anticiper dès maintenant.
